Эти объекты
при запуске сцены
а не должны?
Вот я и хочу сделать для этого сохранение, чтобы эти объекты не оставались
тогда зачем сохранять?
Могу в лс все расписать и скрины прислать, возможно так понятней будет
пришли
Можно в каждом экземпляре объекта сделать несколько панелей и отображать нужную, в зависимости от состояния объекта. Тогда ничего сохранять не надо и данные не будут теряться.
Криво, но должно работать.
наоборот должно быть 
Так для не уничтоженных нужна.
То есть сохранять надо примерно такой объект:
public class MyObjectData
{
public Vector3 position;
public bool isDestroyed;
}